Можно ли на тяговой подстанции применять систему собственных нужд с трехфазным напряжением 380В с заземленной нейтралью?

Нет нельзя. Согласно п. 8.12 СП 98.13330.2018 «Трамвайные и троллейбусные линии» Система собственных нужд подстанций должна быть выполнена трехфазным напряжением 0,23 кВ с изолированной нейтралью